وظایف هیأت اجرایی استانی به شرح زیر است:
- هماهنگی و پیگیری اجرای طرح های عملیاتی منطقه ویژه علم و فناوری در بین سازمان های اجرای ذی ربط.
- پیشنهاد راهکارهای لازم به شورای برنامه ریزی و توسعه استان جهت تأمین بخشی از منابع مالی مورد نیاز از محل منابع استانی.
- پیشنهاد تغییر کاربری های اراضی داخل محدوده منطقه جهت تصویب در کمیسیون مشخص شده در قانون اصلاح قانون حفظ کاربری اراضی زراعی و باغ ها - مصوب 1385-
- نظارت بر عملکرد سازمان عامل استقرار و توسعه منطقه
- تهیه گزارش های نظارتی و ارایه آن به شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری
ماده 7- هیأت اجرایی استانی مکلف است اقدامات لازم را برای تعیین محدوده، بسترسازی فیزیکی، سیاستگذاری و بسترسازی قانونی، برآورد اعتبارات مورد نیاز، پشتیبانی از مؤسسات و کسب و کارهای دانش بنیان، کسب منابع مالی مورد نیاز، تعیین مأموریت ها و وظایف هر یک از عناصر تشکیل دهنده و فعال در منطقه، چگونگی شکل گیری و اداره سازمان عامل استقرار و توسعه منطقه، مشخص و در قالب طرحی مدون برای تصویب به شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری ارایه نماید.