دبیرخانه هیئت اجرایی استانی در محل منطقه ویژه علم و فناوری ربع رشیدی مستقر بوده و کارهای آن به وسیله دبیر هیئت اجرایی که توسط دبیرکل شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری انتخاب و معرفی می شود، انجام می گیرد و گزارش آن به رئیس هیئت اجرایی ارائه می نماید.